Présentation

Les journées SeqBio sont les journées francophones annuelles communes au GDR BIM (bioinformatique moléculaire) et au groupe COMATEGE du GDR IM (informatique mathématique). Cette réunion s’adresse aux chercheurs en informatique, statistique, bio-informatique et biologie qui travaillent sur les séquences, vues comme objet combinatoire ou comme objet biologique.

Ces journées sont organisées annuellement et ont eu lieu les années précédentes à Nantes, Orsay, Montpellier.

Comme chaque année depuis 2011, nous aurons des orateurs invités. Cette année il s'agira de Knut Reinert de l'université libre de Berlin ainsi que Céline Scornavacca, CNRS, ISEM, Montpellier.

Les thématiques abordées sont les suivantes :
  • combinatoire des mots, statistiques sur les mots
  • algorithmique du texte, structures d'indexation
  • algorithmique parallèle
  • recherche, découverte et analyse de motifs et de répétitions
  • analyse des données de séquençage haut-débit (génomique, métagénomique, RNA-seq, ...)
  • annotation des génomes, prédiction de gènes
  • haplotypes et polymorphismes
  • génomique comparative
  • signaux de regulation

Informations pratiques

Vous pouvez trouver une liste d'hôtels disponibles sur le site de l'office de tourisme de Lille

Les journées se tiendront sur le campus de l'université Lille 1, à Villeneuve d'Ascq, dans l'amphithéâtre Migeon du bâtiment Polytech'Lille.

Pour venir sur le campus, le plus simple est de venir en métro en prenant la ligne 1, jusqu'au terminus 4 cantons (compter au total 30 minutes depuis la gare Lille Flandres).

Plan du métro à Polytech

L'arrêt de métro se trouve à l'endroit du marqueur vert, en bas de la carte, et l'entrée du bâtiment Polytech se trouve au niveau du marqueur rouge, en haut

Programme

Lundi 6 novembre

10h25 10h50 Accueil
10h50 10h55 Introduction
10h55 11h25 De novo reference-based read correction (slides) Antoine Limasset
11h25 11h55 Scaffolding with Contig Repetition (slides) Annie Chateau, Rodolphe Giroudeau, Michael Poss et Mathias Weller
11h55 12h25 Clustering with proximity graphs for metagenomic binning Shivani Shah, Fatma Bouali, Jacques-Henri Sublemontier et Gilles Venturini
12h25 12h55 Locality-sensitive hashing indexing schemes for compositional assembly-free metagenomics data Shivani Shah, Fatma Bouali, Jacques-Henri Sublemontier et Gilles Venturini
12h55 14h15 Déjeuner
14h15 15h15 Comprehensive gene tree-species tree reconciliation using parsimony... and more (slides) Céline Scornavacca
15h15 15h45 Development of indexing compressed structure for analyzing a collection of similar genomes: application to rice (slides) Clément Agret, Gautier Sarah, Annie Chateau, Alban Mancheron et Manuel Ruiz
15h45 16h15 An exploration on the size of the neighborhood of a word (slides) Yoann Dufresne et Hélène Touzet
16h15 16h45 Pause
16h45 17h15 Dichotomic search and searching in a table of strings: Average number of symbol comparisons Julien Clément, Dimitri Darthenay, Loı̈ck Lhôte, Brigitte Vallée
16h45 17h15 Unfoldable self-avoiding walks (slides) Christophe Guyeux et Luigi Marangio

Mardi 7 novembre

09h15 10h15 Engineering meets biomedicine. (slides) Knut Reinert
10h15 10h45 Efficient pattern matching in degenerate strings with the Burrows–Wheeler transform (slides) Jackie Daykin, Richard Groult, Yannick Guesnet, Thierry Lecroq, Arnaud Lefebvre, Martine Léonard, Laurent Mouchard, Elise Prieur-Gaston et Bruce Watson
10h45 11h15 Pause
11h15 11h45 Normal sequences, sequences of complexity 2n+1 and continued fractions algorithms (slides) Gilles Didier
11h45 12h15 Complexité et aspects énumératifs du design multiple d'ARN (slides) Yann Ponty, Wei Wang et Sebastian Will
12h15 13h00 Discussions
13h00 14h30 Déjeuner
14h30 15h00 De novo Clustering of Gene Expression in Transcriptomic Long Reads Data Sets (slides) Camille Marchet, Lolita Lecompte, Corinne Da Silva, Corinne Cruaud, Jean-Marc Aury, Jacques Nicolas et Pierre Peterlongo
15h00 15h30 HG-CoLoR: enHanced de bruijn Graph for the error COrrection of LOng Reads (slides) Pierre Morisse, Thierry Lecroq et Arnaud Lefebvre
15h30 16h00 Debugging long-read genome assemblies using string graph analysis (slides) Pierre Marijon, Jean-Stéphane Varré et Rayan Chikhi
16h00 16h30 Assembling heterozygous genomes: are long reads the panacea? (slides) Jean-François Flot
16h30 17h00 Pause et au-revoirs

Nous aurons deux exposés invités :

Comité d'organisation

Rayan Chikhi CNRS, CRIStAL, Université de Lille
Stéphane Janot CRIStAL, Université de Lille
Laurent Noé CRIStAL, Université de Lille
Mikaël SalsonCRIStAL, Université de Lille
Hélène TouzetCNRS, CRIStAL, Université de Lille

Comité scientifique

Rayan ChikhiCNRS, CRIStAL, Université de Lille
Alain DeniseLRI et IGM, Université Paris-Sud
Vincent LacroixLBBE, Université Lyon 1
Thierry LecroqLITIS, Université de Rouen
Laurent NoéCRIStAL, Université de Lille
Irena RusuLINA, Université de Nantes
Mikaël SalsonCRIStAL, Université de Lille
Hélène TouzetCNRS, CRIStAL, Université de Lille
Raluca UricaruLaBRI, Université de Bordeaux
Stéphane VialetteCNRS, LIGM, Université Paris Est

Dates limites

Soumissions

Les soumissions se faisaient via EasyChair au format PDF.

Deux types de soumissions étaient acceptés : résumé court (≤ 2 pages) ou étendu (il n'y a pas de limite ferme mais de préférence ≤ 8 pages). Des modèles LaTeX ou traitement de texte sont disponibles. Le texte peut être rédigé en français ou en anglais. Pour les présentations, toutefois, il serait bienvenu que, par bienveillance envers les personnes non francophones, les transparents soient en anglais.

Soutiens

GDR BiM

GDR IM

CRIStAL

Polytech'Lille