Aster

5, 6 January 2017 (Lille)

** Thursday **

11h-11h45: Accueil

11h45-13h15 : Evolutions récentes de la technologie Nanopore, derniers tests
(Jean-Marc Aury, Genoscope)

13h15-14h15: Lunch

14h15-16h45: RNA-seq, short reads  
- KisSplice, principes et derniers dévelopements (Vincent Lacroix, LBBE)
- CRAC, principes et derniers développements (Mikael Salson, CRIStAL)
- Annotation and differential analysis of alternative splicing using
  de novo assembly of RNAseq data (Clara Benoit, LBBE)
- Repeats in local and global de novo transcriptome assembly of short
  RNA-seq reads (Blerina Sinaimeri, LBBE)

16h45-17h15: Pause

17h15-18h00: Seeds I: principles and application for Nanopore data
(Laurent Noé, CRIStAL)

20h: Restaurant

** Friday **

9h15-10h15: Métagénomique 16S, séquençage ARN et retours d'expérience 
sur Bordetella pertussis (David Hot, Institut Pasteur de Lille)

10h15-10h45: Seeds II: seeds with errors  (Hélène Touzet, CRIStAL)

10h45-11h00: Pause

11h00-11h30:  Repeat-avoidance and solving to call alternative
splicing events in RNA-seq data (Leandro Ishi, LBBE)

11h30-12h00: KROLS, OptimaL KmeR Scaffolder (Alex DiGenova, LBBE)

12h00-12h30: Développements logiciels autour de données ADN PacBio, GATB (Rayan
Chikhi, CRIStAL)

12h30-13h30: Déjeuner

13h30-14h00: Prédiction de transcrits à partir de données iso-seq non corrigées
(Camille Marchet, Irisa)

14h00-16h00: Fonctionnement général du projet, organisation de la
première année de l'ANR
   

12, 13 June 2017 (Lyon)

- Un point sur la technologie Nanopore (Jean-Marc Aury)

- Un point sur la correction des lectures avec Nas et sur les
  analyses comparative (Nanopore/Illumina) d'eventuels biais (Corinne Da Silva)

- Comparatif des alignements des reads nanopore (1Donly) sur un
  transcriptome de référence (Ambre Thomas)

- Développement en cours autour de la prédiction de gènes (Marion Dubarry)

- Modélisation des évènements complexes d'épissage (Camille Sessegolo)

- EYTA: enhance your transcriptome assembly with short and long reads (Leandro Ishi)

- Réflexions autour du graphe des longs reads (Hélène Touzet)

- De novo clustering of long reads to discover gene families (Camille Marchet)