Seqbio 2017

Présentation

Les journées SeqBio sont les journées francophones annuelles communes au GDR BIM (bioinformatique moléculaire) et au groupe COMATEGE du GDR IM (informatique mathématique). Cette réunion s’adresse aux chercheurs en informatique, statistique, bio-informatique et biologie qui travaillent sur les séquences, vues comme objet combinatoire ou comme objet biologique.

Ces journées sont organisées annuellement et ont eu lieu les années précédentes à Nantes, Orsay, Montpellier.

Comme chaque année depuis 2011, nous aurons des orateurs invités. Cette année il s'agira de Knut Reinert de l'université libre de Berlin ainsi que Céline Scornavacca, CNRS, ISEM, Montpellier.

Informations pratiques

Vous pouvez trouver une liste d'hôtels disponibles sur le site de l'office de tourisme de Lille

Les journées se tiendront sur le campus de l'université Lille 1, à Villeneuve d'Ascq, dans l'amphithéâtre Migeon du bâtiment Polytech'Lille.

Pour venir sur le campus, le plus simple est de venir en métro en prenant la ligne , jusqu'au terminus 4 cantons (compter au total 30 minutes depuis la gare Lille Flandres).

Programme

Les résumés peuvent être téléchargés ici.

Lundi 6 novembre

10h25 10h50	Accueil
10h50 10h55	Introduction
10h55 11h25	De novo reference-based read correction (slides) Antoine Limasset
11h25 11h55	Scaffolding with Contig Repetition (slides) Annie Chateau, Rodolphe Giroudeau, Michael Poss et Mathias Weller
11h55 12h25	Clustering with proximity graphs for metagenomic binning Shivani Shah, Fatma Bouali, Jacques-Henri Sublemontier et Gilles Venturini
12h25 12h55	Locality-sensitive hashing indexing schemes for compositional assembly-free metagenomics data Shivani Shah, Fatma Bouali, Jacques-Henri Sublemontier et Gilles Venturini
12h55 14h15	Déjeuner
14h15 15h15	Comprehensive gene tree-species tree reconciliation using parsimony... and more (slides) Céline Scornavacca
15h15 15h45	Development of indexing compressed structure for analyzing a collection of similar genomes: application to rice (slides) Clément Agret, Gautier Sarah, Annie Chateau, Alban Mancheron et Manuel Ruiz
15h45 16h15	An exploration on the size of the neighborhood of a word (slides) Yoann Dufresne et Hélène Touzet
16h15 16h45	Pause
16h45 17h15	Dichotomic search and searching in a table of strings: Average number of symbol comparisons Julien Clément, Dimitri Darthenay, Loı̈ck Lhôte, Brigitte Vallée
16h45 17h15	Unfoldable self-avoiding walks (slides) Christophe Guyeux et Luigi Marangio

Mardi 7 novembre

09h15 10h15	Engineering meets biomedicine. (slides) Knut Reinert
10h15 10h45	Efficient pattern matching in degenerate strings with the Burrows–Wheeler transform (slides) Jackie Daykin, Richard Groult, Yannick Guesnet, Thierry Lecroq, Arnaud Lefebvre, Martine Léonard, Laurent Mouchard, Elise Prieur-Gaston et Bruce Watson
10h45 11h15	Pause
11h15 11h45	Normal sequences, sequences of complexity 2n+1 and continued fractions algorithms (slides) Gilles Didier
11h45 12h15	Complexité et aspects énumératifs du design multiple d'ARN (slides) Yann Ponty, Wei Wang et Sebastian Will
12h15 13h00	Discussions
13h00 14h30	Déjeuner
14h30 15h00	De novo Clustering of Gene Expression in Transcriptomic Long Reads Data Sets (slides) Camille Marchet, Lolita Lecompte, Corinne Da Silva, Corinne Cruaud, Jean-Marc Aury, Jacques Nicolas et Pierre Peterlongo
15h00 15h30	HG-CoLoR: enHanced de bruijn Graph for the error COrrection of LOng Reads (slides) Pierre Morisse, Thierry Lecroq et Arnaud Lefebvre
15h30 16h00	Debugging long-read genome assemblies using string graph analysis (slides) Pierre Marijon, Jean-Stéphane Varré et Rayan Chikhi
16h00 16h30	Assembling heterozygous genomes: are long reads the panacea? (slides) Jean-François Flot
16h30 17h00	Pause et au-revoirs

Nous aurons deux exposés invités :

• 6 novembre : Céline Scornavacca, CNRS, ISEM, Montpellier. Comprehensive gene tree-species tree reconciliation using parsimony... and more

  Gene trees and species trees can be discordant due to several biological processes. In this talk I will review and present applications for standard models of gene tree-species tree reconciliation (the DL and DTL models) that take into account macro-evolutionary events at the gene level such as duplications, losses and transfers of genes. I will also introduce two recent reconciliation models: (1) a unified formal IDTL reconciliation model, including the above mentioned processes and taking incomplete lineage sorting (ILS) in the species tree into account, and (2) a DTL model in which the species phylogeny is a network rather than a tree.

• 7 novembre : Knut Reinert, Freie Universität, Berlin. Engineering meets biomedicine.

  Bioinformatics has matured during the last 10 years and combines now many aspects of algorithmics, combinatorics, and computer science. At the same time biomedical research is becoming more and more data driven and many analysis need timely analysis of genomic data. In addition, it is quite apparent that the available compute infrastructure evolves towards the use of hardware acceleration in form of many-core systems that have large vector units. Consequently, we have to adapt our algorithms and implementations such that they are able to take advantage of this development and provide the tools for the new precision medicine. I will introduce the research focus of my group, which is to bridge the gap between biomedical, experimental researchers and the computer science community. The main focus lies in the development of the C++ algorithms library SeqAn. I will talk about its design and our roadmap to support vectorization and multi-core processing. I will then exemplify the benefits using one well-known bioinformatics algorithm, pairwise sequence alignment, and a novel work of my group introducing an efficient method and implementation for constant time bidirectional search using FM-indices requiring only the BWT and some small support data structures and point out what tools for biomedical research can benefit from this.

Comité d'organisation

Rayan Chikhi	CNRS, CRIStAL, Université de Lille
Stéphane Janot	CRIStAL, Université de Lille
Laurent Noé	CRIStAL, Université de Lille
Mikaël Salson	CRIStAL, Université de Lille
Hélène Touzet	CNRS, CRIStAL, Université de Lille

Comité scientifique

Rayan Chikhi	CNRS, CRIStAL, Université de Lille
Alain Denise	LRI et IGM, Université Paris-Sud
Vincent Lacroix	LBBE, Université Lyon 1
Thierry Lecroq	LITIS, Université de Rouen
Laurent Noé	CRIStAL, Université de Lille
Irena Rusu	LINA, Université de Nantes
Mikaël Salson	CRIStAL, Université de Lille
Hélène Touzet	CNRS, CRIStAL, Université de Lille
Raluca Uricaru	LaBRI, Université de Bordeaux
Stéphane Vialette	CNRS, LIGM, Université Paris Est

Dates limites

• Soumission d'un résumé : 13 octobre 2017 (il n'y aura pas de report)
• Diffusion du programme : 23 octobre 2017
• Date limite d'inscription : 25 octobre 2017 à 12h

Soumissions

Les soumissions se faisaient via EasyChair au format PDF.

Deux types de soumissions étaient acceptés : résumé court (≤ 2 pages) ou étendu (il n'y a pas de limite ferme mais de préférence ≤ 8 pages). Des modèles LaTeX ou traitement de texte sont disponibles. Le texte peut être rédigé en français ou en anglais. Pour les présentations, toutefois, il serait bienvenu que, par bienveillance envers les personnes non francophones, les transparents soient en anglais.

Soutiens